wordpressには、wp_enqueue_script(); という関数を使うと便利みたいです。wp_print_scripts と言うアクションフックを使用すればさらに便利な使い方が出来るようです。（アクションフック一覧）。

関数のコール

[crayon-4fbbaf0de975d/]
例えばデフォルトで登録されているjQueryを使いたければ、
[crayon-4fbbaf0de9b41/]
とだけ書けばOK。（ただしjQueryのバージョンには注意）
で、実際に、例えば、jqueryに依存したなんかの処理をするsample.jsがあったとするとfunctions.phpに

[crayon-4fbbaf0de9f31/]
add_actionの部分でフックに追加しているのでwp_head()内に読み込まれることになります。
こうすることで、スクリプトの読み込みの順番に気をつけてくれて、さらに重複をさけてくれるらしいです。
ただ普通はプラグインを作るときとかに使うのかな?header.phpはすっきりするかもしれないけど。